Die Arbeitsgemeinschaften sind Teil des verlässlichen Übermittagangebotes. Informationen zu den Inhalten der einzelnen AGs und zum Wahlmodus gibt es auf dem Kennenlernnachmittag vor den Sommerferien. Im Anschluss daran wird gewählt.
Das breite AG-Angebot ist möglich, da alle Kinder der Erprobungsstufe des Gymnasial- und des Realschulzweigs hier gemeinsam aktiv sind. Dies entspricht dem Wunsch nach einem sozialen Miteinander aller Schülerinnen und Schüler der St.-Franziskus-Schule. Den Fünftklässlerinnen und Fünftklässlern ermöglicht es, auch über die Grenzen der Schulzweige hinaus mit Freundinnen und Freunden zusammen zu sein oder neue kennenzulernen.